Cronología de la construcción del Colegio y de la iglesia.

Los trabajos preparatorios de las obras de este conjunto del Santuario y de la Iglesia, mediante la apertura de zanjas, etc., empezaron en 1688. La primera piedra del nuevo edificio y de la Iglesia fue colocada el 28 de marzo de 1689. Al frente de la obra se fueron sustituyendo diversos Maestros, algunos de los cuales, en particular el Maestro Martín de Zaldúa, introdujeron modificaciones importantes en los planos de Fontana, relativas sobre todo a la estructura de la Iglesia y a dos de los patios del Santuario.

La construcción se llevó a cabo con bloques de mármol extraídos en su mayoría del monte Izarraitz, que limita al Norte el valle de Iraurgui o del Urola medio. En la ladera de este monte, hacia Azcoitia, se aprecia a simple vista desde Loyola el hueco formado por la cantera de que proceden la mayor parte de los sillares con que está construido este Santuario. En la obra llegaron a trabajar simultáneamente hasta 600 canteros.

Las principales fechas de la construcción del conjunto son las siguientes:

- 1688-1738: construcción del ala Sur y de la iglesia del Colegio de Loyola. Hasta 1693 dirige las obras el Maestro José de la Incera, bajo la supervisión del arquitecto y hermano jesuita Jean Begrand, hecho venir para ello de Bélgica.

- 1693-1704: Muerto el Maestro José de la Incera en 1693, dirige las obras, ya sin la supervisión del Hermano Jean Begrand, el Maestro Martín de Zaldúa. Él es quien proyecta y realiza en el ala Sur una escalera imperial (llamada hoy "Escalera de los Santos"), en sustitución de uno de los dos patios proyectados por Fontana para esta ala. Cosa que en el futuro, cuando se termine al final del siglo XIX el ala Norte, se duplicará con la gemela “Escalera de los Papas”. Y él es también el encargado de modificar, entre 1696 y 1700, los planos originales de Fontana para la iglesia de Loyola, introduciendo en el proyecto cambios sensibles que, como explicaremos más adelante, afectan a la planta y a la estructura del templo.

- 1704-1717: interrupción de las obras, debida a la Guerra de Sucesión (1701-1714), en el momento en que la casa de Austria, que había fundado el Colegio de Loyola, era sustituida en el trono de España por la casa de Borbón. Con todo, en este tiempo se termina la escalera imperial del ala Sur (hoy Escalera de los Santos) y se construye al sur de la explanada la nueva Hospedería de Loyola (actualmente “Centro Arrupe”).

- 1708: los jesuitas, que hasta entonces han habitado en la Santa Casa, empiezan a ocupar los primeros aposentos del ala Sur del nuevo Colegio, aunque todavía no está acabada y las obras están suspendidas.

- 1717-1738: Prosigue la construcción de la iglesia circular y del ala Sur del Colegio. El anterior Maestro de Obras, Martín de Zaldúa, estaba empeñado en la construcción del colegio jesuítico de Lequeitio, y por ello ahora es mero consultor de las obras de Loyola. Lo sustituirán sucesivamente los Maestros Sebastián de Lecuna (1719-1733) e Ignacio de Ibero (1733-1766).

- 1719-1733: Dirige las obras el Maestro Sebastián de Lecuna, hasta su muerte, en 1733. Logra construir el tambor y buena parte de la cúpula.

- 1733-1766: Dirige las obras el Maestro Ignacio de Ibero, quien cierra la cúpula de la iglesia, levanta su linterna y diseña su Altar Mayor.

- 1738: Inauguración oficial de la iglesia y del ala Sur del nuevo Colegio de Loyola. Habían pasado 56 años desde que los jesuitas habían empezado a habitar en la Santa Casa, 50 años desde que en 1688 habían empezado las obras del Colegio y de la Iglesia, y 30 años desde que los jesuitas habían empezado a ocupar algunos aposentos en el Ala Sur, todavía en construcción, del Colegio.

- 1750-1757: realización del Altar Mayor de la Iglesia, según diseño del Maestro Ignacio de Ibero.

- 1758: llega desde Roma a Loyola la estatua de plata de San Ignacio y es instalada en el altar mayor de la iglesia.

- 1760-1767: prosigue la construcción del ala Norte del Colegio de Loyola.

- 1766: muerte del Maestro Ignacio de Ibero: dirige las obras su yerno, el Maestro Javier Ignacio de Echeverría.