Al principio funcionó en Modulación de Amplitud (Onda Media), primero con 300 vatios y luego con un kilovatio de potencia. Formaba parte de la Cadena de Ondas Populares Españolas (COPE), dependiente de la jerarquía episcopal. Sus estudios estaban en el segundo piso del Santuario y su equipo emisor en el monte Erlepater, que domina el parque de Loyola.

Un reajuste de las frecuencias en España provocó su cierre temporal en 1965. Renació en 1966, entonces en Modulación de Frecuencia (FM), conservando sus estudios en el Santuario de Loyola, pero trasladando su centro emisor al monte Itxumendi de Elosua. En 1972, Radio Loyola asumió la dirección también de Radio Popular de San Sebastián, dentro de la COPE. En el año 1977 la emisora fue objeto de un ataque terrorista, pero ya al año siguiente pudo ser reinaugurada. Un nuevo grupo emisor de 15 kv. fue instalado en 1985.

En 1993, Radio Popular de Loyola y Radio Popular de San Sebastián se separaron de la COPE.

En la actualidad (2003), Radio Popular de Loyola, Radio Popular de San Sebastián y Radio Vitoria, que emiten en cadena, extienden su programación a las 24 horas del día, con programas originales durante 20 horas, desde las 05,00 hasta las 01,00, y con repeticiones de algunos de ellos desde las 01,00 a las 05,00. Un tercio de la producción es emitido en vascuence.

Radio Popular de Loyola emite en Modulación de Frecuencia, con la frecuencia de 99,8 Mhz.

Radio Popular de San Sebastián emite en Modulación de Amplitud (Onda Media), con la frecuencia de 1.224 khz. y en Modulación de Frecuencia con la frecuencia de 94,8 Mhz.

Radio Vitoria emite en Modulación de Frecuencia con la frecuencia de 98,0 Mhz.

Radio Loyola tiene sus oficinas en la planta baja del ala Sur del Santuario de Loyola, y sus estudios en el semisótano de la misma ala.