En la Primera Sala hay numerosos ornamentos y objetos litúrgicos de mérito, a veces por su misma antigüedad, siempre por su calidad artística. Todos ellos están convenientemente rotulados.

En la Segunda Sala, el testero está ocupado por el frontal (altar y puertas que lo flanqueaban) de la antigua capilla de Manresa que se encontraba en el primer piso de la Santa Casa. Se trata de un fino trabajo de ebanistería, de estilo plateresco, ejecutado todo él en caoba, por el taller de Saturnino López Gómez, el “jorobado” de Burgos.

El centro del retablo está ocupado por una evocación en tres dimensiones de la Cueva de Manresa, hecha en pasta oliva, con Iñigo que bajo la inspiración de la Virgen escribe el Libro de los Ejercicios. Sobre la mesa del altar hay una pequeña exposición de ediciones del Libro de los Ejercicios de diversas épocas y en diversas lenguas.

Faltan en los nichos laterales las imágenes de San Francisco Javier y del Beato Fabro, esculpidas también en caoba por Saturnino López, y que hoy se hallan en el Salón de Honor de la Santa Casa.

El resto de las vitrinas de esta segunda sala está ocupado por una selección de arquetas de bronce con reliquias, realizadas en 1912 por los talleres Granda de Madrid para la que entonces era la Capilla del Relicario de la Santa Casa, en el segundo piso de la misma.