El gran pórtico curvo está presidido por el escudo de los Borbones, ya que Loyola tenía el título de Real Colegio, fundado por Doña Mariana de Austria, pero el pórtico se construyó cuando en España la Casa de Austria había sido ya sustituida por la casa de Borbón.

Dentro de este pórtico se encuentran las imágenes de San Ignacio, San Francisco Javier, San Francisco de Borja, San Luis Gonzaga y San Estanislao de Kostka. Las cinco fueron diseñadas entre 1734 y 1738 por el escultor italiano Gaetano Pace, el cual sólo pudo realizar en piedra la de San Ignacio, y parte de la de San Francisco de Borja, porque murió en 1738. Las otras serán realizadas, según los diseños de Pace, por el escultor montañés Miguel de Mazo entre 1738 y 1739. Las puertas exteriores del templo son de cedro del Líbano. El resto del cancel está realizado con madera de caoba, venida de La Habana en 1739. La puerta principal está flanqueada por dos columnas salomónicas coronadas por un frontón curvo partido.

Interior de la Basílica. En el interior, la iglesia sorprende desde el primer momento por la exuberancia barroca de su ornamentación churrigueresca en mármol labrado, con abundancia de dorados. El templo tiene un diámetro interno de 33 metros. Todo él esta cubierto por un pavimento de sillares de mármol, que con sus colores gris paloma y rosa duquesa forman un espléndido mosaico concéntrico. VR1

Ocho arcos abocinados, cuatro grandes y cuatro más pequeños, separan el espacio central, de 20 metros de diámetro, de la original nave circular. Estos arcos y sus robustos pilares, adornados con pilastras adosadas que rematan en capiteles corintios, y cuyas enjutas ostentan ricos relieves, están realizados en severo mármol negro pulimentado. VR2

Sobre las claves de los cuatro arcos mayores, las cuatro letras del lema de San Ignacio: AMDG, Ad Maiorem Dei Gloriam, es decir, a la mayor gloria de Dios. Sobre las de los cuatro pequeños, las cuatro sílabas de VI VA JE SUS. Todo el cuerpo inferior del templo remata con una amplia cornisa, apoyada sobre modillones labrados ricamente y separados por metopas cubiertas con relieves dorados. Sobre la cornisa corre un balcón de hierro forjado. VR3

Sirve de fondo a este balcón un friso adornado con emblemas militares, en el que se contraponen las efigies de Íñigo soldado (sobre la entrada) y de Ignacio fundador (sobre el altar mayor, con el IHS, el emblema del nombre de Jesús en griego).